Die Charta Oecumenica wurde auch von Siegfried Großmann unterschrieben, dem Präsidenten des Bundes evangelisch-freikirchlicher Gemeinden, obwohl diese von einem Großteil des Gemeindebundes abgelehnt wird. Daraufhin veröffentlichte der Bruderrat der Arbeitsgemeinschaft der Brüdergemeinden (AGB) im Bund am 17.9.2004 eine Stellungnahme, die einige Passagen begrüßt, aber doch deutlich Kritik übt. Es heißt darin:

… Besonders begrüßen wir die Anerkennung „dass jeder Mensch seine religiöse und kirchliche Bindung in freier Gewissensentscheidung wählen kann“, und dass „niemand an einer aus freien Stücken erfolgenden Konversion gehindert werden“ darf …

Wir können uns jedoch nicht verpflichten, eine sakramental verstandene Taufe anzuerkennen, die als heilsnotwendig gilt und an nicht Glaubenden vollzogen wird. Man wird nicht Christ durch die Taufe, sondern durch persönlichen Glauben und Bekehrung …

Auch können wir das sakramentale Verständnis des Abendmahls in der katholischen Kirche und z. T. auch in den protestantischen Kirchen nicht anerkennen.

Ein weiterer Punkt der sichtbaren Einheit wird „im gemeinsamen Zeugnis und Dienst“ gesehen. In der Tat kann ein gemeinsamer diakonischer Dienst unter Umständen hilfreich sein.

Anders verhält es sich beim „gemeinsamen Zeugnis“. Wenn nicht geklärt ist, wer Christ ist und wie man Christ wird, ist eine gemeinsame Verkündigung des Evangeliums nicht möglich. Der Ruf zum Glauben macht für uns keinen Sinn, wenn Taufe und Kirchenmitgliedschaft bereits als Eintritt ins Christsein gesehen werden. Auch können wir uns nicht verpflichten „über unsere Initiativen zur Evangelisierung … Vereinbarungen zu treffen…“, wenn damit gemeint ist, dass Evangelisation nicht ohne vorherige Zustimmung einer anderen Kirche stattfinden darf.

Wir begrüßen, dass die Charta Oecumenica dazu aufruft, „die Religions- und Gewissensfreiheit von Menschen und Gemeinschaften anzuerkennen“ und für ihre freie Praktizierung einzutreten. Wir bedauern jedoch, dass dabei der Absolutheitsanspruch Jesu Christi (im Sinne von Joh. 14,6; 1.Kor. 3,11) faktisch aufgegeben wird.

Wenn mit „unsere jüdischen Schwestern und Brüder“ an Jesus Christus glaubende Juden gemeint wären, würden wir der Aussage gerne zustimmen. Wenn damit aber Juden gemeint sind, die Jesus nicht als Christus bzw. Messias anerkennen, ist die Formulierung „Brüder und Schwestern“ zumindest sehr missverständlich, da das Wort „Bruder“ im Neuen Testament – abgesehen vom eigentlichen Wortgebrauch und von der Verwendung für Mitisraeliten – praktisch ausschließlich für Christen gebraucht wird.

Auch können wir in unseren Beziehungen zum Islam nicht „über den Glauben an den einen Gott“ sprechen, denn es geht im Islam und im Christentum um unterschiedliche und sich in wesentlichen Teilen widersprechende Gottesvorstellungen.